万达足球在1998年宣布永远退出足坛，主要原因是在当年足协杯半决赛中遭遇的不公正待遇。具体事件如下：
裁判判罚问题：在1998年足协杯半决赛第二回合中，万达队与辽宁队战成1-1平局，万达队希望在次回合中取得胜利。然而，在比赛过程中，万达队的进球被裁判判定为越位无效，而万达队认为裁判存在误判。
王健林的不满：比赛结束后，万达队教练和王健林对裁判的判罚表示强烈不满，并在新闻发布会上公开表达了对足球的失望，认为中国足球的发展被黑暗所笼罩。
公开信与回应：尽管中国足协后来出具公开信承认裁判的失误，并试图挽留万达俱乐部，但王健林并未接受，并表示如果有大连企业愿意接受万达球队，他将无偿转让。
其他原因：王健林在多个场合提到，万达退出足球的原因还包括足坛黑哨太多、对投资中国足球失去信心、希望借此机会引起高层反思以及万达俱乐部股份面向全国转让等。
综上所述，万达足球退出足坛的主要原因是1998年足协杯半决赛中的裁判误判，以及王健林对中国足球整体环境的不满和失望。